Anteriormente la Semarnat también desapareció la Subsecretaría de Gestión para la Protección Ambiental.
La Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) hizo oficial la desaparición del Instituto Nacional de Ecología y Cambio Climático (INECC) y el Instituto Mexicano de Tecnología del Agua (IMTA), con el argumento de que es necesario utilizar los recursos públicos en objetivos claros, evitar la duplicidad de funciones y cerrar espacios a la corrupción. Anteriormente la Semarnat también desapareció la Subsecretaría de Gestión para la Protección Ambiental.
En los tres años de gobierno de Andrés Manuel López Obrador se han desaparecido al menos 22 instituciones y subsecretarías de gobierno con el argumento de la política de austeridad.
A través de un comunicado la Semarnat menciona que realizó un análisis minucioso de su estructura interna y la de sus órganos desconcentrados y descentralizados, identificando la complementariedad de responsabilidades entre la Semarnat y el INECC, así como entre el IMTA y la Comisión Nacional del Agua (Conagua).
Otras dependencias que han prescindido de subsecretaria, institutos y organismos es la Secretaría de Seguridad y Protección Ciudadana (SSPC), quien desapareció la Subsecretaría de Planeación, Prevención, Protección Civil y Construcción de Paz.
En la Fiscalía General de la República (FGR) han dejado de operar la Agencia de Investigación Criminal, el Centro de Evaluación y Control de Confianza, el Centro de Protección a Personas, el Centro Nacional de Planeación, Análisis e Información para el Combate a la Delincuencia.
También las instituciones que dejaron de funcionar fue el Órgano Administrativo de Solución de Controversias en Materia Penal y el Instituto de Formación Ministerial, Policial y Pericial.
La Secretaría de Economía reportó la desaparición de la Subsecretaria de Minería, el fideicomiso público conocido como ProMéxico y el Instituto Nacional del Emprendedor.
Entre las subsecretarías desaparecidas:
• América del Norte, perteneciente a la Secretaría de Relaciones Exteriores (SRE).
• Comunicaciones y Desarrollo Tecnológico, de la Secretaría de Comunicaciones y Transporte (SCT).
• La Subsecretaría de Planeación y Política Turística, de la Secretaría de Turismo (Sectur).
• La Subsecretaría de Integración y Desarrollo, perteneciente a la Secretaría de Salud.
• La Subsecretaría de Ingresos de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP).
• La Subsecretaría de Empleo y Productividad Labora, de la Secretaría del Trabajo y Previsión Social (STyPS).
• La Subsecretaría de Gobierno de la Secretaría de Gobernación (Segob).
Otras desapariciones que destacan son las del Instituto Nacional para la Evaluación de la Educación (INEE), la cual fue creada en el gobierno de Enrique Peña Nieto a partir de la refirma educativa de 2013. Todos estos movimientos se han dado a conocer mediante un acuerdo publicado en el Diario Oficial de la Federación.